Das PETRI Berlin charakterisiert die einzigartige Verbindung von Werkstätten, Magazin, Besucher- und Projektbereichen zur Berliner Archäologie in einem Haus. Das Motto „Entdecke die Archäologie“ verweist auf die facettenreichen Entdeckungen und aktuellen Forschungen, die im PETRI Berlin gezeigt werden. Besucherinnen und Besucher werden eng an die Funde geführt und dazu eingeladen, mitzudenken und mitzumachen, wenn es darum geht, Funde freizulegen, zu erkennen und zu bestimmen. Vor allem Kinder und Jugendliche sollen an die aus dem Berliner Boden geborgenen Geschichtszeugnisse herangeführt und mit ihnen vertraut gemacht werden. Dabei wird die gesamte Spannbreite der Funde thematisiert – von der Steinzeit bis zur Neuzeit, inklusive der dazugehörigen Forschungsmethoden.
Das Landesdenkmalamt Berlin wird gemeinsam mit dem Direktor des Museums für Vor- und Frühgeschichte der Staatlichen Museen zu Berlin Preußischer Kulturbesitz in seiner Eigenschaft als Berliner Landesarchäologe das PETRI Berlin betreiben. In das Gebäude wird neben den Besucher- und Projektbereichen auch das Museum für Vor- und Frühgeschichte mit seiner Restaurierungswerkstatt und dem Magazin wie auch das Landesdenkmalamt mit einem Projektraum zur Vorstellung aktueller Grabungen einziehen. Nach archäologischen Forschungsprozessen gegliedert soll im PETRI Berlin zwischen Wissenschaft und Öffentlichkeit vermittelt werden: An Stationen werden die Themen der jeweiligen Prozesse allgemein verständlich aufgearbeitet und dargestellt. Einblicke und Bezüge in die Räumlichkeiten des Museums für Vor- und Frühgeschichte und Landesdenkmalamtes lassen Fachleute und Öffentlichkeit zusammenkommen.